スパイダーマンとして生きていくと決めた、あの時──。
ピーターは、MJへの想いを断ち切った。一方MJは、すれ違うばかりに恋をあきらめ、別の人との結婚を決意する。婚約発表の場にはピーターの姿もあった。激しく揺れるピーターの心。ヒーローという運命に翻弄されるこの恋の行方はどうなるのか？
前作で、スパイダーマンに敗れたグリーン・ゴブリンは、親友・ハリーの父だった。
スパイダーマンがピーターだと知らずに、ハリーは憎しみを燃やし続けている。現在、父の会社で働く彼は、プロジェクトに失敗。希望を失い、残されたのはスパイダーマンへの復讐だけとなった。運命は、2人の友情を憎しみへと変えてしまうのか？
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スパイダーマンでいる限り、愛する人が狙われ、危険に晒される。本当に守りたい人を守ることができない──。孤独な運命に別れを告げ、自分自身の人生に戻ろうとするピーター。そんな彼に、愛する伯母は言った。「誰もがヒーローを愛してる。ヒーローが必要なの」。ピーターが選ぶのは、一体どちらの道なのか？