2001年に日本でBSE（牛海綿状脳症）が発生した当時、農林水産省内でリスク管理とリスク評価が混在させられていたことが原因のひとつであるとして、同省の畜産行政の欠陥が指摘された。それを受け、リスク管理とリスク評価を分離するために、リスク評価機関として2003年に発足したのが食品安全委員会である。
食品安全委員会は、食品安全基本法に基づき、内閣府に設置されており、食品に関するリスク評価を実施している。現時点の在籍者は59人で、基本的に各省庁からの出向人事で運営されている。委員会事務局は事務局長以下、総務課、評価第一課、評価第二課、情報・勧告広報課で構成されており、出向元省庁別の職員数を調べてみると、56％が農林水産省出身、32％が厚生労働省出身、残りが地方自治体出身および直接雇用となっている。
農林水産省が過半数以上の職員を出向させているが、問題なのは食品安全委員会事務局長ポストが発足以来、以下の通り常に農林水産省出向者によって独占されていることである。
・03年～04年：梅津準士氏（農林水産省大臣官房審議官）
・04年～08年：齊藤登氏（農林水産省官房参事官）
・08年～12年：栗本まさ子氏（農林水産省官房付）
・12年～現在：姫田尚氏（農林水産省官房審議官）
※（）内は前職
食品安全委員会事務局長の職務権限は、「委員長の命を受けて、局務を掌理する」とされており、要するにオールマイティである。食品安全委員会の運営、専門委員の人選、食品安全委員会人事すべてについて職務権限を持っている。さらに、食品安全委員会やその下にある専門委員会にも出席し、発言をすることができる。職員の過半数が農林水産省出向者で占められていることから考えれば、食品安全委員会の事務局は、農林水産省の意向を反映することが可能な状況ともいえる。
