ポケモン映画最新作「劇場版ポケットモンスター ベストウイッシュ『神速のゲノセクト ミュウツー覚醒』」が7月13日(土)に公開されるのに先がけ、本作を100倍楽しむための完全新作アニメ『ミュウツー ~覚醒への序章(プロローグ)~』が、大ヒット映画「キュレムVS聖剣士 ケルディオ」と共に、テレビ東京で2時間スペシャルで放送されることが決定した。

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 オリジナルストーリー『ミュウツー ~覚醒への序章(プロローグ)~』は、最新映画『神速のゲノセクト ミュウツー覚醒』で活躍する最強のポケモン“ミュウツー”とサトシたちが出会う前の物語。圧倒的スピード&パワーを発揮する、ミュウツーの覚醒した姿でのバトルをどこよりも早く見ることができる。圧倒的な力を持ちながら、ポケモンたちにしか心を開かないミュウツー。ミュウツーの過去が明らかになり、覚醒したミュウツーの壮絶なバトルが幕を開ける。

 ポケモンレスキュー隊のバージルは、山岳救助の任務を終え基地に戻る途中、とある山に緊急着陸。そこで出会った尐女アンナと老人オスカーから、見たこともないポケモンに助けられたという不思議な体験を聞く。すると…突然、謎の男ダンクが「そのポケモンは『ミュウツー』です!」と声をかけてきた。先日、自分もミュウツーに助けられたのだと語るダンク。だがミュウツーはその時に大きな怪我を負ってしまったのだと言う。バージルたちはミュウツーの救助に向かおうとするが、人間に作られたというミュウツーは人間を信用していない。 そこでバージルはイーブイ達に、アンナは森に住むポケモンたちに呼びかけ捜索開始。だがそこには、ポケモンたちの後を追う怪しげなカメラと不敵に笑うダンクの姿が…。果たしてダンクの目的とは!?