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冴島はるか(比嘉愛未)が妊娠していることを知り、プロポーズを決意した藤川一男(浅利陽介)だったが、「私が妊娠したからプロポーズするのか?」と突き放されてしまう。一方、森林公園で倒れていた、自殺者と思われる男性救出のためドクターヘリが救出に向かうが、機内に患者の嘔吐物より原因不明の汚染が発生したとの報告が。その影響で冴島が倒れ意識を失ってしまう。
病院では緊急配備が敷かれ、藍沢はこの患者への治療に取り組む中で、“命とその人が命より大事と思うもの、どちらかを選ばなければならない時にはどうすべきなのか?”その問題に改めて向き合うのだった。
第3話放送後、SNSでは「今回も凄く考えさせられる回でした。見入っちゃってアッという間に終わってしまった」「コード・ブルーとても深かった。切なくて泣きながら見た」「自分ならどうだろ…色々と考えさせられる濃い内容、心に残る回になりました」とストーリーに心打たれたというコメントが多い。
また、はるかのアクシデントで、一男が改めて真剣に告白をする場面には「藤川冴島のとこ泣いた…」「藤川先生の愛と医師としての成長を見れて感動した」「冴島さんが目覚める時、5人揃ってて感動した。そしてこの藤川の笑顔泣ける…」と感動したという声が寄せられている。