自衛隊の極秘諜報組織「別班」に所属する主人公・乃木憂助(堺)と仲間たちの活躍を描く本作。最終話では、これまでの物語に張り巡らされた伏線が次々と回収された。公安の野崎守(阿部寛)がシンシーの諜報員リュウ・ミンシュエン(堺)と手を組んでいたことや、核融合研究者エリシャ・ママドフが娘プリシャに託した機密データの所在が明らかに。乃木や野崎らはアド砂漠の洞窟でデータを発見し、世界を揺るがしかねない核融合技術の情報を別班の手に渡すことに成功した。
物語のクライマックスでは、バルカ共和国に主要キャラクターが集結。乃木は父ノゴーン・ベキ(役所広司)らの前で薫との結婚を宣言し、ジャミーン(本間さえ)とともに家族になることを誓った。
しかし、幸せな結末を思わせる展開から一転、薫の意味深な行動が描かれる。乃木と並んで眠っていた薫が突然目を覚まし、周囲を鋭い眼光で見回したのだ。さらに日本での生活を描いたラストシーンでは、眠っている乃木をジャミーンが起こそうとするも、薫は「乃木さんは疲れているの。今日は寝かせてあげて」「学校遅れちゃうよ。さあ行くよ」と強い口調で制し、ジャミーンを連れ出した。
これまで世界医療機構(WHI)に所属する医師として登場してきた薫だが、第1シーズンから「本当にただの医師なのか」と疑う声も上がっていた。今回の不穏な描写を受け、SNSでは「薫さんが怪しすぎる」「真の黒幕かもしれない」といった反響が相次いだ。
また、乃木が眠り続けていることや、ジャミーンを制する薫の行動にも注目が集まった。薫が白い手袋を着用していたことから「乃木を薬で眠らせたのかな」「どこかのスパイだったりして」といった考察も。さらに、野崎がロシアの諜報員の存在をほのめかしたことや、薫がベキと初対面ではないような表情を見せたことから、「薫がロシア側の人間なのでは」と推測する声も広がった。
そして、神田明神の祠には別班の緊急招集を知らせる赤い饅頭が置かれ、物語は新たな展開を予感させる形で幕を閉じた。
放送終了間際には、堺本人が登場し、「第24話、何か違和感を覚えませんでしたか? その違和感の正体を突き止めるためには、新たな冒険へ立ち向かっていく必要がありそうです」とコメント。劇場版『VIVANT』の公開を発表した。映画は12月4日(金)から全国公開される。物語に残された違和感の正体、そして薫の真の目的とは何なのか。新たな冒険に期待が高まる。

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