「MT-09 Y-AMT」は、クラッチレバーとシフトペダルを備えず、代わりにシフトアップ&ダウン操作をハンドシフトに集約した「MTモード」と、変速を自動化する「ATモード」を搭載。
「ATモード」には、「D」と「D+」の2種類のシフトプログラムが設定されており、街中や高速道路では穏やかな「D」、レスポンスのよい加減速を楽しみたいワインディングでは「D+」といったように、道路状況や好みに応じた選択が可能。
「MTモード」でのシフトアップ&ダウンは、手元のシーソー式シフトレバーで行うことで、高い操作性と素早いレスポンスによってダイレクトなコントロールが可能に。通常は「+」レバーでシフトアップ、「-」レバーでシフトダウンを制御。また、「+」レバーは、親指をグリップから離すことなく、人差し指1本の操作で、引く(シフトアップ)/押す(シフトダウン)操作もできるという。
また、シフトチェンジ時の車体挙動も穏やかになり、「MT-09」が持つ街中での“アジャイルさ”と、峠道での“旋回性&スタビリティ”を両立した乗り味をベテランからエントリーユーザーまで多くのライダーが堪能できる仕様となっている。