4人はまず、奈良公園で、奈良と縁の深い「鹿」について勉強することに。教えてくれるのは、京都産業大学研究員・小嶋先生。約1500頭もいるといわれる奈良公園の鹿はすべて野生だが、なぜ奈良に鹿が多いのか、鹿がいることでどんな得があるのか、知られざる奈良公園と鹿の秘密に、櫻井も「たしか(鹿)に!」と納得する。
607年、聖徳太子によって建てられた法隆寺は、日本書紀によれば670年に火災で全焼し、のちに再建された。現存する世界最古の木造建築であり、日本初の世界遺産である。その参道を歩きながら、そもそも法隆寺を建てた聖徳太子とは何者なのかを学ぶ。憲法十七条や冠位十二階の制定など日本の礎を築く傍ら、「一度に10人の話を聞き分けた」「馬に乗って富士山を駆け登った」など人間離れした数々の伝説を持つ聖徳太子。日本の歴史上最も偉大な聖人として崇められ、初代1万円札をはじめ、過去7回もお札になっている。
その功績がすごすぎて、櫻井も「実在したの?」と疑問に。櫻井の予感通り、実は近年、「聖徳太子は実在しなかった説」が浮上。その謎を解く鍵は、聖徳太子の存在を記した日本書紀にあった。飛鳥時代に起こった蘇我氏と物部氏の争い、藤原鎌足の台頭など、歴史好きな吉村も「怖ぇ…」と恐れおののく聖徳太子と法隆寺を巡るミステリーが紹介される、
そして、法隆寺のメインゲート「西院伽中門」へ。
法隆寺は本当に再建されたものなのか、再建されたものではないのか、長年にわたって意見を二分してきた“法隆寺再建非再建論争”を学ぶ。すると、想像力豊かな吉村が、ある仮説を唱え始める。その後、メインとなる金堂で、普段は入れない国宝・釈迦三尊像の裏側に潜入すると、吉村の妄想がヒートアップ。法隆寺は再建されたのか、されていないのか、数々の謎を残す世にも奇妙な法隆寺ミステリーに、想像が膨らむ。
さらに、羽鳥&吉村の“直線ブラザーズ”が今回も絶好調。
後半は、奈良名物・柿の葉ずしを食べながらひと息ついて、いよいよ国宝級の仏像たちと対面する。聖徳太子像をまさかのレントゲン撮影。そこに写っていたまさかの事実が明かされる。
スーパーモデル並みのプロポーションを持つ謎の巨大仏像や、モナ・リザやスフィンクスと並ぶ偉大な仏も。最後は法隆寺・東院伽藍「夢殿」で、今しかお目にかかれない秘仏を拝もうとすると、思わぬ悲劇が訪れる。
スタジオでは、豪華俳優陣が「聖徳太子クイズ」「仏像クイズ」で対決する。新水曜ドラマ『冬のなんかさ、春のなんかね』から成田凌と岡山天音、新日曜ドラマ『パンチドランク・ウーマン』からジェシー(SixTONES)と知英、松丸亮吾、ゆうちゃみ、ヒコロヒー、荒川(エルフ)が、奈良のお土産を懸けたクイズバトルで盛り上がる。

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