この店舗は1階から4階までで構成され、世界一のターミナルである新宿のトラフィックを想起させ、店内を巡るのが楽しくなるようなポップなフロアマップ構成。陸上のトラックのコースがフロアデザインに組み込まれるなど、アスリートにスポーツのインスピレーションを与え、必要なギアがそろえられるようにデザインされている。
また、ウィメンズ、メンズなどでフロア、エリアを区分しておらず、それぞれのスポーツ カテゴリーの取り扱い商品の中からシームレスに気に入ったプロダクトを探すことができる。
総面積1590平米のフロアの構成は1階が、「ACG アパレルとフットウェア」「NIKE BY YOU」、2階が「ランニング/トレーニング アパレルとフットウェア」、3階が「ライフスタイル アパレルとフットウェア」、4階が「バスケットボール/ジョーダン ブランド アパレルとフットウェア」となっている。
なお、ナイキ新宿の特徴的なロゴデザインは、鉄道の警備員として働きながら、ガムテープによる案内表示から独自のレタリング「修悦体」を生み出した佐藤修悦氏と、アートディレクター佐々木俊氏のコラボによって生み出された。これらのロゴなどを使って自由にデザインできるTシャツ、フーディーなどを「NIKE BY YOU」で制作することができる。
また、階段には過去のナイキのプロダクトを振り返ることができるポスターを展示している。
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