現在31歳のストーンズはエヴァートンで頭角を現すと、2016年夏にマンチェスター・シティに完全移籍で加入。これまで公式戦283試合に出場し、19ゴール9アシストを記録。“偽CB”としても活躍し、多くのタイトル獲得に貢献してきた。
しかし近年は負傷離脱が増加。昨シーズン後半にはハムストリングを痛め、公式戦の出場は20試合にとどまった。 ストーンズは当時を振り返り、「僕にとって本当に厳しいシーズンだった。引退を考えたほどだったんだ」と吐露。「プロとして全力を尽くし、できる限りのことを努力してきたが、心が折れてしまい、答えも見つからない状況に陥り、辛い状況だった」と苦しい胸の内を明かした。
今シーズンは復帰を果たし、公式戦6試合に出場。スタメンCBはポルトガル代表DFルベン・ディアスとクロアチア代表DFヨシュコ・グヴァルディオールがコンビを組んでおり、UEFAチャンピオンズリーグ(CL)リーグフェーズ第2節モナコ戦では右サイドバック(SB)としてスタメンに名を連ねた。ストーンズは以下のように語り、マンチェスター・シティでの挑戦を続ける決意を示している。
「何年も前にシティでの新しい挑戦が始まった時、僕は『戦い続けるつもりだ』と言ったし、子供の頃からずっとそうしてきた。