【完全ガイド】個人事業主に税務調査が来る基準とは？慌てないための帳簿術を解説

個人事業主として確定申告の準備を進める中で、税務調査を心配する方も多いでしょう。本記事では2026年現在の最新の調査傾向を踏まえ、税務調査に選ばれる理由から、調査までの準備や当日の対応、調査が決まっても慌てないための帳簿術を解説します。この記事を最後まで読み、万全の準備を整えましょう。

税務調査の通知は「事業を整えるチャンス」

「ある日突然、税務署から調査の電話がかかってきた……」そんなとき、多くの個人事業主の方は、たとえ後ろめたいことがなくても心臓がドキッとするのではないでしょうか。

「何かミスがあったのか？」「多額の税金を請求されるのでは？」と、不安で仕事が手につかなくなる方も少なくありません。

しかし、税務調査は決して罰を与えるためのものではありません。むしろ事業主として、自身の事業が正しく行われていることを証明し、将来に向けて「健康診断」を受けるような場だと捉えることもできます。
税務調査は2種類ある

税務調査には2種類あり、事前に連絡が入る任意調査、突然調査される強制調査があります。
○任意調査

税務調査の大多数を占めるのが任意調査です。調査の実行前に、通知書が送付され、日時を調整したうえで行われます。調査日が前もってわかるため、税理士と連携しながら準備ができます。

「任意」となっていますが、税務調査そのものを拒否することは不可能です。正当な理由なく調査に応じない場合、1年以下の懲役あるいは50万円以下の罰則が科せられます。
○強制調査

強制調査は、重大・悪質な脱税が疑われる場合に、強制的に行われる調査です。事前通知はまったくなく、国税庁の調査官がいきなり事務所などに訪れます。

パソコンやスマートフォン、書類や帳簿など、事業に関するありとあらゆるものを押収されます。
個人事業主に税務調査が入る確率

個人事業主が税務調査の対象となる確率は、おおむね0.5～1.0％とされています。100年～200年に1回程度であり、それほど頻繁に対象となるわけではありません。

ただし、どの個人事業主でも0.5～1.0％というわけではないことに注意が必要です。業種や職種などによって、調査対象になりやすいケースもあります。
【2026年最新】税務調査の対象に選ばれやすいケースとは？

AIをはじめとしたテクノロジーの進化により、税務調査の選定にも変化が生じています。最新のトレンドを踏まえ、税務調査の対象となりやすいケースを解説します。
○AI・新システム（KSK）による異常値の判定

現在、国税局では「KSK（国税総合管理システム）」という巨大なデータベースを活用しています。ここにAI（機械学習）が導入されたことで、調査対象を選ぶ精度は飛躍的に向上しました。

同業種・同規模の事業主と比較して、「売上に対する外注費が異常に高い」「旅費交通費が突出している」といった異常値が瞬時に弾き出されます。
○「急激な売上増」と「利益率の低下」

税務調査では、消費税の課税事業者になるタイミングの前後をとくに監視されます。その理由として、「売上1,000万円の壁」があるためです。

売上が1,000万円を超えると消費税の課税事業者になりますが、これを避けるために意図的に売上を翌年に回したり、経費を水増しして利益を調整したりするケースがあります。このような動きは、KSKシステムのデータ照合ですぐに不自然さが露呈します。

またインボイス制度が開始されてから、取引先が保存する領収書のデータと申告者の売上データが照合されやすくなっています。売上を隠ぺいするのはほぼ不可能な状況です。
○ネットでの把握しづらいお金の流れ

2026年現在、特に厳しくチェックされているのが「目に見えにくいお金」の流れです。たとえばメルカリなどのフリマアプリ、YouTubeなどSNSの広告収入などで大きく稼ぐ方がいて、プラットフォーム側からの情報提供などにより、税務署は高い精度で把握をしています。

また暗号資産（仮想通貨）の無申告や過少申告で、莫大な税金が課される事例もあります。利益を計算するのが複雑であり、悪意がなくても申告漏れが発生しやすいため、注意が必要です。
○現金取引をしている

税務署からマークされやすい業種の1つが、現金取引の多い業種です。現金取引が多いと、領収書や売上などの記録の改ざんがしやすく、証拠も残りにくいためです。

このため、税務調査の対象として選ばれやすい傾向があります。帳簿作成を正確に行い、取引の内容を記録しておくことが重要です。
○3～5年周期の定期調査

「5年間税務調査が来なかったから大丈夫」と安易に考えるのは危険です。その理由として、税務署があえて「泳がせている」可能性があるためです。

税務調査の時効は5年（悪質なケースは7年）あるため、すぐに失効するわけではありません。税務署としては、申告漏れの金額がある程度まとまったタイミングで調査に入るほうが効率は良いのです。

「うちには来ない」と油断していると、急に税務調査が決定し、あたふたしてしまうかもしれません。
【予防策】日常的な対策リスト

この章では、税務調査が決まっても慌てないための、日頃からの備えについて解説します。

○帳簿・書類の保存

申告関連の書類はすべて整理して保管しましょう。請求書・領収書・契約書も含め、最大7年間は保存する必要があります。

クレジットカードでの支払いの場合は、利用明細書を保存しておきましょう。
○会計ソフトの活用

個人事業主の方はさまざまな方法で帳簿を付けていますが、もっともおすすめなのは会計ソフトの利用です。計算ミスが発生せず、自動的に貸借対照表や損益計算書を作成してくれるため、手間が省けます。

税務調査のときにも「この会計ソフトを使用しています」と伝えれば、税務署からの信頼度を上げることにつながります。
○経費の管理

経費も正確に記録することが大切です。プライベートの支出を経費に含まないようにコントロールしましょう。

経費専用のクレジットカードを1枚作り、事業関連の支出を集約させると便利です。会計ソフトとクレジットカードを連携させると、取引を自動的に帳簿に取り込めます。
○税理士に代理してもらう

コストはかかりますが、税理士に相談して、確定申告を代理で行ってもらうのも有効な方法です。申告を税理士に任せると、ミスの防止と正確な確定申告につながります。

税理士との契約方法に関しては、主に以下3つのパターンがあります。

確定申告のみの契約（記帳も依頼）
確定申告のみの契約（記帳は自分で）
顧問契約

確定申告だけ契約する場合、申告書の作成と申告は税理士に依頼することになります。記帳までお願いするか、記帳は自分でやるかを選ぶことが可能です。

顧問契約では、節税のためのアドバイスをもらえたり、税金関連の質問に答えてもらったりなどのサポートを受けられます。

税理士に任せる範囲が多いほど料金は高くなるものの、確定申告に関する手間は削減できます。
税務調査への対応方法

税務調査が決まったときにどのような流れで進められるのか、任意調査の場合で解説します。
○事前通知が届く

任意調査の場合は、前もって電話で通知が届きます。税理士が税務を代理し、事務代理権限証書を提出していた場合、個人事業主ではなく顧問税理士に連絡が入ります。

通知が来るのは、調査の10日前ほどが目安です。
○日程・場所の調整

税務調査の日程と場所を決めます。事務所で税務調査を行うケースが一般的ですが、税理士事務所などへの変更もできます。

調査日時は税務署側から指定がありますが、都合が悪ければ別日に調整することも可能です。
○事前の準備

税務調査当日までに、必要な書類を集めたり、受け答えの練習をしたりするなどの準備を行います。

税理士に税務調査へ立ち会いを依頼することもできます。その場合は顧問税理士と事前に打ち合わせを行い、それに沿って準備を進めていきます。
○税務調査の当日を迎える

来訪した調査員と、会話でやり取りを行い、求められた場合は書類を提出します。事業概要の説明を求められることもあるため、端的に話せるようにしておきましょう。

個人事業主の場合、調査にかかる日数は1～2日程度です。
○結果が届く

税務調査が完了すると、早ければ2～3週間後、遅くとも3カ月以内を目処に結果が通知されます。結果によっては、修正申告などを行う必要があります。

申告内容に間違いがなければ、調査はそのまま終了します。
税務調査への対策は正しい記帳が基本

個人事業主に税務調査が来る確率、調査に選ばれやすいケース、調査の具体的な流れに関して解説しました。調査への対策は、正しく記帳し、不正確な申告を行わないことです。

正確な内容で申告をしていれば、万が一調査対象に選ばれたとしても、調査員にしっかり説明ができます。適正な申告であれば、ペナルティが発生することもありません。

税務調査を過度に恐れず、日頃から正確な内容で記帳するようにしましょう。簿記・経理などの知識に自信がない場合、税理士にサポートしてもらうこともおすすめです。

安藤真一郎 あんどうしんいちろう マーケティング会社に勤務した後、フリーランスのライターに転身。 多種多様なジャンルの記事を執筆するなかで、金融リテラシーを高めることや情報発信の重要性に気づき、現在はマネー系ジャンルを中心に執筆している。 ライターとして、知識のない人でも理解しやすいよう、かみくだいた文章にすることが信条。 ファイナンシャルプランニング技能士2級、日商簿記検定2級取得。 この著者の記事一覧はこちら