火災のあった作業船は、名護市辺野古の新基地建設を巡り、2020~21年に埼玉県の運送会社が当時県内にあった海運会社から5億円で購入した。だが老朽化が激しく、当初から稼働できる状態ではなかったため、運送会社は詐欺だと主張。所有権を巡って裁判で争っている。船は放置されてきた。
近隣住民によると、船はもともと砂利置き場付近に停泊していたが、昨年8月の台風でアンカーが切れて沖合に流され、座礁したという。
発生当時、港にいた会社員の30代男性は25日午後1時半ごろ、焦げた臭いに気付き、その約30分後に煙が上がっているのを目撃した。作業船の方向から、オレンジ色の救命浮環4個が連なって岸へ流れてきて「何があったのだろう」と不思議に思っていたという。