事故は同日午前10時10分ごろ、辺野古崎から東南東1540メートルの沖合で発生。転覆したのは「平和丸」(5トン未満)と「不屈」(1・9トン)。2隻には平和学習で訪れていた同志社国際高校(京都府)の2年生18人を含む計21人が乗船していた。高校生は平和丸に10人、不屈に8人乗っていた。亡くなったのは、「不屈」の船長と、平和丸に乗っていた女子生徒。高校生は全員、救命胴衣を着用し、引率の教員は乗っていなかったという。他に高校生2人がけがをしたが、意識はあるという。
沖縄気象台によると、沖縄本島北部には事故当時から、波浪注意報が発表されている。気象台の担当者は「うねりがあると、沖合で波が高くなくても水深が浅い場所で急に波が高くなることも考えられる」と話している。

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