『もしもツアーズ』は家族で安心して見られる番組といった印象が強いが、過去には炎上騒ぎも起こしている。
2019年11月23日の放送ではレギュラー出演するキスマイことKis-My-Ft2の宮田俊哉がほかの出演者の食べ残しを片付ける場面に「衛生的にいかがなものか」「残飯処理係なんてかわいそう」といった批判が殺到してしまった。番組での宮田のキャラクターがそうしたものであったとはいえ、食べ物の扱い方に視聴者が苦言を呈した形だ。
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さらに同年には番組で放送作家を務める堀田延氏のツイッターが炎上。堀田氏は「おいネトウヨども!そして歴史修正主義者の政治家ども!もう頭きた!はっきり言ってやるよ。関東大震災時に朝鮮人を虐殺した日本人、慰安婦を性的搾取した日本人、そんな日本人たちのDNAを継いでるのが紛れも無いお前らなんだよ!」と書き込んだ(現在は削除済み)。
『もしもツアーズ』では出演者を巡るトラブルも起こった。19年3月に番組レギュラーとして出演していた三瓶が番組を降板し、トルコに渡ると明かした。三瓶は同番組の共演者でもあった平愛梨の夫であるプロサッカー選手・長友佑都の専属料理人見習いとなるとされた。だがわずか2カ月で帰国。三瓶側は理由として「ホームシック」を挙げているが、一部ネット上では「平のポイ捨て」と批判を集めた。