1979年9月30日生まれで現在44歳の南は、読売日本SCジュニアユースを経て全国屈指のサッカー名門校として知られる静岡学園高校に進学し、全国高校サッカー選手権大会制覇を経験。
2010年2月にロアッソ熊本に加入し4シーズンに渡って正GKとして活躍すると、2014シーズン開幕前に横浜FCへ完全移籍。在籍6年目の2019シーズンは明治安田生命J2リーグで33試合に出場し、クラブにとって13年ぶりとなるJ1復帰に大きく貢献した。2021年からは大宮でプレーしており、今シーズンはここまでJ2リーグと天皇杯でそれぞれ2試合に出場。
また、U-20日本代表としては1997年のFIFA U-20ワールドカップや1999年のFIFA U-20ワールドカップでゴールマウスを守り、1999年大会では準優勝に大きく貢献。A代表への招集歴もあるものの、国際Aマッチの出場は叶わなかった。
44歳での現役引退を決断した南は、大宮のクラブ公式サイトを通じて次のようなコメントを発表している。
「わたくし南雄太は、今シーズン限りでの現役引退を決断致しましたので、ここにご報告させて頂きます」
「26年間という、自分でも到底想像も出来なかった長い現役生活をこの年齢まで過ごしてこれたのは、丈夫な体に生んで育ててくれた両親、いつどんな時も自分の1番の支えになってくれてサポートしてくれた妻、自分に無限のパワーを与えてくれた子供達や家族、そして自分が在籍させて頂いた柏レイソル、ロアッソ熊本、横浜FC、大宮アルディージャの各クラブで共に闘った選手、監督やコーチングスタッフ、クラブスタッフの方々、パートナーシップスポンサーの方々、そして各クラブのサポーター、ファンの方々、その自分に関わって頂いた全ての方々のおかげに他なりませんし、ただただ感謝という言葉しかありません。本当に本当にありがとうございました!」
「幼稚園でサッカーを始めて10月に入って引退を決意した日までの約40年間、苦しい事や辛い事はたくさんあったけれど、でも大好きなサッカーを辞めたいと思った事はただの1度もありませんでした」
「それが、いかに自分のサッカー人生が充実して素晴らしいものだったかを物語っていると思います。
「今シーズンも残り4試合。アルディージャの残留の為に自分はどんな立場であれ全身全霊を尽くして、チームの為に最後の最後まで闘います。どうか引き続き応援のほど宜しくお願い致します」
「そして、あと1カ月でサッカー選手ではなくなりますが、今後とも『サッカー人、南雄太』をどうぞ宜しくお願い致します!」