乃木憂助(堺)は、別班情報を売った裏切り者として姿を消した野崎の行方を追い、野崎を知る人物を手がかりに捜査を進める。野崎の手足となって乃木をロシアへ誘導しようとした警視庁サイバー対策課の東条(濱田岳)、野崎の上司である公安部長・佐野雄太郎(坂東彌十郎)、そして第1シーズンから野崎と信頼関係を築いてきたバルカ警察のチンギス(Barslkhagva Batbold)に接触する。
バルカでチンギスと再会した乃木は、野崎から託された1枚の紙を受け取る。そこに書かれていたのは「天網恢恢疎にして漏らさず」という言葉。さらにチンギスから、野崎が「俺は名目上は警察官だがそうじゃない。俺は諜報員」と話していたことを聞かされる。
野崎の意図を探る乃木ら別班は、公安部長の佐野を拘束して尋問。すると佐野は、公安内部にシンシーの監視カメラが設置されていることを把握していたことや、野崎が別班員の拉致に加担していたことを認めた。その上で「野崎も私も日本を裏切ったわけではない」「野崎は現在、潜入捜査の任についている」と明かす。
これまで“裏切り”と見られていた野崎の行動は、シンシーへの潜入を成立させるためのものだった。5年前には北京の日本大使館に駐在し、北朝鮮への諜報活動を行っていたことも明らかになり、野崎が公安という表の顔とは別の任務を担ってきたことが浮かび上がった。
野崎の真相が明らかになると、SNSでは「やっぱり」「野崎さん信じてたよ」「乃木さんうれしそう」「野崎さんは潜入捜査!!」などの声が続出。一方で「諜報員って言ってなかった?」「どこの諜報員」「目的は何?」と、野崎の所属や任務そのものをめぐる新たな疑問も広がった。
そしてラストでは、野崎が別班情報を渡し、50億円の報酬を得ていたシンシー側の人物・樊林杏(ハン・リンシン/宮下今日子)が登場。ゴルバド共和国にある拠点について「ここはただの情報処理センター。(本部は)違う場所にあるの」と告げる。野崎が追っていたシンシーの本部は別の場所にあることが示され、物語はさらに謎を深めた。
さらに佐野の口から、5年前に北京の日本大使館で野崎の下で働いていた劉銘軒(リュウミンシュエン)と張競士(チョウケイシ)という2人のエージェントの名前も明かされた。野崎の潜入捜査がどこへつながるのか、そしてシンシーの本部とは何なのか。乃木らの新たな追跡が始まろうとしている。

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