世界のほころびが何なのかはっきり言わないし、津波に対して街の人達はあんまり困ってなさそうです。
そしていくつかの気になる引っかかりの中で、私がいちばん気になっているのが、フジモトとトキさんです。

フジモトとトキさんは親子なんじゃない?
フジモトは作中で「元人間だった」と明かしているのに、どうして海で暮らしているのか背景の説明がありません。
『フジモト』という名前から、たぶん日本人。人間を嫌っているような発言をするけど、リサやひまわりの家の人達に対する態度はとても普通です。
リサとの対比で過保護・過干渉に見えますけど、そこはポニョ5歳ですから仕方ない気もします。

トキさんは最初からポニョを「人面魚」だと指摘します。正直私にもそう見えますけど、トキさん以外はそのリアクションを取りません。
「昔から人面魚が浜に上がると津波が来るって言うんだよ」と言うけど、他のお年寄りは誰もその事には触れません。
世界のほころびが閉じられた時、宗介を抱きしめて泣いて喜ぶのがリサを差し置いてトキさんなのも気になります。

この二人、似てませんか。よく見ると鼻なんかそっくりです。

物語のはじまる前を想像してみる
街の人達があんまり困ってなさそうなのは、以前同じような津波の経験をしていて、避難訓練が徹底されていたからかもしれません。
その時の津波と、浜に上がった特別な魚が関係しているのを知っているのは、トキさんだけ。