日本最初の私鉄は1881(明治14)年に設立された日本鉄道です。この会社は路線の建設や運営に政府や官設鉄道がかかわり半官半民ともいえたため、当初から官設鉄道との連絡運輸を行っていました。
ただ、国鉄(JR)の特急列車の直通となると、特急列車が大衆化した1960年代まで待つことになります。
日本で最初に私鉄に乗り入れた国鉄の特急列車は、1969(昭和44)年の特急「あまぎ」です。東京駅から伊豆急行線の伊豆急下田駅までは、急行「伊豆」が直通していましたが、車両はボックスシートの153系と回転クロスシートの157系が混在しており、設備に大きな格差がありました。このため、157系の列車については停車駅を減らして特急「あまぎ」として差別化したのです。特に下り列車は横浜や熱海すら通過して東京~網代間をノンストップで走るダイヤでした。
変わったところでは、1976(昭和51)年に特急化された「北アルプス」が挙げられます。名古屋鉄道神宮前駅から国鉄高山本線を介して富山地方鉄道立山駅まで直通するという、現在でも類を見ない私鉄?国鉄?私鉄の特急列車でした(複数の私鉄+JR直通という意味では、東武鉄道・野岩鉄道・会津鉄道・JR東日本を直通する「AIZUマウントエクスプレス」は近い存在ですが)。
話を首都圏に絞ると、現在はJR東日本が伊豆急行、伊豆箱根鉄道、富士山麓電気鉄道、東武鉄道、JR東海が小田急電鉄と直通する特急列車を運行しています。
伊豆急行は1961(昭和36)年の開業時から国鉄線と直通運転を行っています。特急の乗り入れは、前述の通り1969(昭和44)年の「あまぎ」からです。「あまぎ」は、1981(昭和56)年から「踊り子」に改称。
国鉄と伊豆箱根鉄道との直通列車は、1949(昭和24)年の準急「いでゆ」が最初です。特急化されたのは1981(昭和56)年の特急「踊り子」で、現在まで続いています。
富士山観光で活況富士山麓電気鉄道は、1934(昭和9)年に早くも新宿~富士吉田間の臨時列車「高嶺」として直通運転が始まっており、関東では一番長い歴史があります。ただ、国鉄時代は「かわぐち」などの急行列車、JR化後は快速列車であり、特急列車の直通が始まったのは、2014(平成26)年の特急「成田エクスプレス」が最初です。E259系電車が、成田空港~河口湖間を3時間半程度で結ぶという、かなりの長距離特急でした。
現在は2019(平成31)年に運行を開始した千葉・新宿~河口湖間の特急「富士回遊」が直通運転を行っています。
東武鉄道は2006(平成18)年から、新宿~東武日光・鬼怒川温泉間で、特急「日光」「きぬがわ」「スペーシアきぬがわ」を運行しています。首都圏と日光の鉄道輸送は、国鉄(JR)と東武が長年ライバル関係だったため、両者が手を組むことは衝撃を持って受け止められました。使用車両は東武が100系「スペーシア」でした。JR東日本は485系、189系でしたが、現在は253系1000番台です。
JR・東武の直通運転の特徴は、東武100系の臨時運行で品川、上野、八王子など、JR東日本の各地に乗り入れることです。JR253系も海浜幕張、千葉、八王子などからの臨時列車設定事例があり、季節需要をきめ細かく拾っています。ただ、東武100系、253系ともに経年が長く、今後どのような直通運転になるのかは注目の集まるところです。
首都圏で唯一、JR東海への直通を行っているのは、小田急電鉄新宿~御殿場間を直通する特急「ふじさん」です。小田急との直通は1955(昭和30)年から。最初は御殿場線が非電化だったため、小田急がこのためだけに気動車を保有して乗り入れました。特急化は1991(平成3)年からで、「あさぎり」としてJR371系と、小田急20000形「RSE」が新宿~沼津間で共演しました。
2012(平成24)年に御殿場~沼津間の乗り入れは終了し、車両も小田急60000形「MSE」だけとなって、JR東海車両の乗り入れはなくなりました。
なお特急「あさぎり」は、2018(平成30)年、特急「ふじさん」に改称されました。富士山を挟んで、小田急と富士山麓電気鉄道に直通するJR特急列車がそれぞれ「富士」を名乗るところに、インバウンド需要の大きさが感じられます。
現時点では、新たな直通運転計画はありませんが、2016(平成28)年の交通政策審議会の答申「東京圏における今後の都市鉄道のあり方について」において、「久喜駅での東武伊勢崎線と東北本線(宇都宮線)の相互直通運転化等の工夫により、さらに広域からの空港アクセス利便性の向上に資する取組についても検討が行われることを期待」と書かれており、沿線自治体も実現を要望しています。技術的には東武の車両がJRに直通することは問題がありません。

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